二者的主要区别有两点：
第一:经营模式不同。京东自营是京东公司自己经营的店面。从品牌厂家进货到京东仓库，然后在京东平台销售给消费者。
而京东官方旗舰店是各大品牌商家借助京东平台销售自家产品，犹如商场里的小店面。
第二:发货方和收获时常不一样。京东自营一般使用自己的京东物流，发货快，送货速度也快；而京东官方旗舰店则是由品牌发货，要先从品牌仓库调货，发货和运输、配送时间较长。
京东自营是通过京东的仓库物流发出来的，就是京东提前把各大品牌的商品采购回来放到仓库里面，下单以后就近给你安排发货，物流快。自营的东西都是京东自己的售后，有问题都是京东负责处理，售后有保障。自营旗舰店就是各品牌在京东的店铺，和淘宝店铺差不多，不过东西都是有保障的，走的也是京东的物流，就是不一定是就近发货，而且售后都是店铺自己负责，处理问题的效率没有京东自营的高。
